Muzeum Zamojskie
Muzeum istnieje od 1926 roku. Powstało z inicjatywy działaczy kultury dwudziestolecia międzywojennego: Zygmunta Klukowskiego, Henryka Rosińskiego, Kazimierza Lewickiego i innych. W latach powojennych działało jako Muzeum Ziemi Zamojskiej. Swoje ekspozycje mieści w kamienicach Ormiańskich przy Rynku Wielkim. Zebrany materiał muzealny podzielny został na trzy części:
historyczna – na wystawie „Zamość, Zamoyscy i Ordynacja Zamoyska 1580-1939” można zobaczyć makietę XVII-wiecznego Zamościa, sporą kolekcję portretów ordynatów, mebli i broni z różnych epok. Znajduje się tu również wystawa poświęcona historii Akademii Zamojskiej i drukarni akademickiej.
archeologiczna – eksponaty przedstawione na wystawie „Zamojszczyzna w pradziejach i wczesnym średniowieczu” pochodzą z badań wykopaliskowych, głównie z terenu byłego województwa zamojskiego, na przykład z wykopalisk prowadzonych na terenach Grodów Czerwieńskich.
etnograficzna – eksponaty zgromadzone na wystawie „Sztuka ludowa Zamojszczyzny” przedstawiają głównie stroje ludowe z ziemi biłgorajskiej, hrubieszowskiej, zamojskiej, plastykę ludową oraz garncarstwo.
Dużym atutem muzeum są zabytkowe wnętrza kamienic Ormiańskich z zachowanymi elementami starej kamieniarki, freskami i drewnianymi stropami.
Muzeum Sakralne Kolegiaty
Muzeum zostało założone w 1987 roku dzięki staraniom ostatniego ordynata, Jana Zamoyskiego. Mieści się w trzech salach infuatki – budynku zaprojektowanego pod koniec XVI wieku przez Bernardo Morando. Do muzeum przeniesiono najcenniejsze zabytki z kolegiaty: dary ordynatów, infułatów i bogatych mieszczan Zamościa. Wśród nich można obejrzeć: Relikwiarz z rąbkiem szaty Najświętszej Maryji Panny, albę koronacyjną króla Michała Korybuta Wiśniowieckiego, zbiór szat liturgicznych z XVI i XVII wieku, ornaty, naczynia i księgi liturgiczne, spośród portretów trumiennych wyróżnić należy portret Jana Sobiepana Zamoyskiego.
Muzeum Martyrologii Rotunda
Rotunda Muzeum Martyrologii Zamojszczyzny jest miejscem upamiętnienia zbrodni jakich dokonali naziści na terenach Zamojszczyzny. W czasie wojny pełniła funkcję więzienia śledczego zamojskiego Gestapo. Już w czasie kampanii wrześniowej na jej terenie rozstrzeliwano pierwsze osoby. Jest to okrągła twierdza o średnicy około 60 metrów, w której znajdowało się 19 cel rozmieszczonych wokół dziedzińca. Dogodnie usytuowana – z daleka od zabudowań miejskich, blisko stacji kolejowej. Jako więzienie służyłą od czerwca 1940 do 22 lipca 1944 roku. Szacuje się, że w tych latach przez obóz przeszło około 50 tysięcy ludzi, blisko 8 tysięcy zostało zamordowanych. Muzeum otwarto w kwietniu 1947 roku. Dla uczczenia pamięci pomordowanym odtworzono dawny wygląd cel, umieszczono epitafia i tablice informacyjne. Poszczególne pomieszczenia poświęcono wszystkim ofiarom nazizmu z Lubelszczyzny.
Niechlubną pamiątka jest brama obozu z niemieckim napisem Gefangenen-Durchganglager Sicherheitspol” – Jeniecki Obóz Przejściowy Policji Bezpieczeństwa
Muzeum „Arsenał”
Muzeum znajduje się w budynku dawnego arsenału. Nawiązuje do tradycji Jana Zamoyskiego, który w zbrojowni kolekcjonował swoje trofea z wypraw wojennych w jakich uczestniczył.
W Muzeum można zobaczyć dwa obiekty: prochownię z prezentacją multimedialną – „Historia twierdzy i miasta Zamość” oraz arsenał z wystawą „Arsenał zamojski od XVI do XIX wieku”. Dostępna będzie również ekspozycja dotycząca Zamojszczyzny na tle działań militarnych, w której przedstawione został rozwój techniki wojskowej w XX wieku.
W miesiącach letnich, od maja do września, czynna jest ekspozycja plenerowa „Artyleria i broń pancerna z okresu II wojny światowej”. Zgromadzono na niej czołgi, armaty i samoloty.